Bei der FFH-VP handelt es sich um ein eigenständiges Verfahren, das nicht durch andere Prüfverfahren ersetzt werden kann (z. B. Umweltverträglichkeitsprüfung, Artenschutzprüfung, Prüfung nach der Eingriffsregelung, Prüfung nach Umweltschadensgesetz). Wenn für die Zulassung oder Durchführung des Projekts eine Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) oder eine Prüfung nach der naturschutzrechtlichen Eingriffsregelung stattfindet, soll die FFH-VP nach §§ 34 ff BNatSchG soweit wie möglich mit den Prüfschritten dieses Verfahrens verbunden werden.
Die UVP und die Prüfung nach der Eingriffsregelung haben in diesem Fall die vorgenannten besonderen Prüfungsvorgaben der FFH-RL und der V-RL in einem eigenen Kapitel gesondert darzustellen und zu bewerten. Soweit bereits eine UVP oder eine Prüfung nach der Eingriffsregelung durchgeführt worden ist, macht das eine FFH-VP nicht entbehrlich. Dasselbe gilt auch für die Verknüpfung mit der Artenschutzprüfung (ASP) (vgl. VV-Artenschutz, Rd.Erl. d. Ministeriums für Umwelt und Naturschutz, Landwirtschaft und Verbraucherschutz v. 13.04.2010, Aktenzeichen: III4-616.06.01.18).
In dieser Stufe wird durch eine überschlägige Prognose unter Berücksichtigung möglicher Summationseffekte geklärt, ob erhebliche Beeinträchtigungen eines Natura 2000-Gebietes ernsthaft in Betracht kommen bzw. ob sich erhebliche Beeinträchtigungen offensichtlich ausschließen lassen. Um dies beurteilen zu können sind verfügbare Informationen zu den betroffenen FFH-Lebensraumtypen und -Arten einzuholen. Vor dem Hintergrund des Projekttyps und der Örtlichkeit sind alle relevanten Wirkfaktoren des Projektes einzubeziehen. Verbleiben Zweifel, ist eine genauere Prüfung des Sachverhaltes und damit eine vertiefende FFH-VP in Stufe II erforderlich (vgl. LANA (2004): Arbeitspapier zur FFH-VP, Kap. 2.2.1).
Hier werden Vermeidungsmaßnahmen, Schadensbegrenzungsmaßnahmen und ggf. ein Risikomanagement konzipiert. Anschließend wird geprüft, bei welchen FFH-Lebensraumtypen und -Arten trotz dieser Maßnahmen eine erhebliche Beeinträchtigung zu erwarten ist. Hierzu ist ggf. ein spezielles FFH-Verträglichkeitsgutachten einzuholen.
In dieser Stufe wird geprüft, ob die Ausnahmevoraussetzungen (zwingende Gründe, Alternativlosigkeit, Vorsehen von Kohärenzsicherungsmaßnahmen) vorliegen und das Projekt abweichend zugelassen oder durchgeführt werden darf.